فرزند مرحوم آیت الله حاج سید جواد خامنه‌اى سید على حسینی خامنه‌اى فرزند مرحوم آیت الله حاج سید جواد حسینى خامنه‌اى، در سال ۱۳۱۸ شمسی در مشهد مقدس چشم به دنیا گشود. او دومین پسر خانواده بود و زندگى مرحوم سید جواد خامنه‌اى هم مانند بیشتر روحانیون و مدرسان علوم دینى، بسیار ساده. ما باید به زیرزمین مى‌رفتیم خانه‌اى که خانواده‌ی سید جواد در آن زندگى مى‌کردند در یکی از محله‌های فقیرنشین مشهد بود: «منزل پدرى من که در آن متولد شده‌ام، تا چهار پنج سالگى من، یک خانه‌ی ۶۰ ـ ۷۰ مترى در محله‌ی فقیرنشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیرزمین تاریک و خفه‌اى! هنگامى که براى پدرم میهمان مى‌آمد -و معمولاً پدر بنا بر این که روحانى و محل مراجعه مردم بود، میهمان داشت- همه‌ی ما باید به زیرزمین مى‌رفتیم تا مهمان برود. بعد عده‌اى که به پدر ارادتى داشتند، زمین کوچکى را کنار این منزل خریده به آن اضافه کردند و ما داراى سه اتاق شدیم.» یادگیری الفبا و قرآن از چهار سالگی مقام معظم رهبری از چهار سالگى به همراه برادر بزرگشان سید محمد برای یادگیری الفبا و قرآن مجید، به مکتب‌خانه رفتند و پس از آن در مدرسه‌ی تازه‌تأسیس اسلامى «دارالتعلیم دیانتى» ثبت نام کردند و دوران تحصیل ابتدایى را در آن مدرسه گذراندند. فراگیری دروس سطح (دوازده سالگی،سال1330) سیدعلی از دوازده سالگی و با رفتن به مدرسه‌ی علمیه‌ی سلیمان‌خان و سپس نواب مشهد، پس از آموختن مقدمات علوم حوزوی، فراگیری دروس سطح راادامه داد. اما آن استادی که سیدعلی نوجوان از او استفاده‌های فراوانی در دروس سطح برد، کسی جز پدرش نبود؛ یعنی مرحوم آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای که از آیات عظامی همچون نائینی و آقا سید ابوالحسن اصفهانی اجازه‌ی اجتهاد داشت. شروع درس خارج و علاقه به فلسفه (شانزده سالگی،سال1334) شانزده سالگی سنی بود که آقاسیدعلی حضور در درس خارج فقه آیت‌الله‌العظمی سید محمدهادی میلانی را آغاز کرد. ایشان همزمان در جلسات مرحوم حاج میرزاجوادآقا تهرانی نیز شرکت می‌کرد. مباحث این جلسات بیشتر به نقد و رد کتاب فلسفه‌ی منظومه‌ی ملاهادی سبزواری می‌گذشت. علاوه بر این و به دلیل علاقه‌ی آقاسیدعلی به فلسفه و به سبب جوّ ضد فلسفه‌ی آن روزهای مشهد، او ناگزیر بود که در درس مرحوم آقا شیخ رضا ایسی- از اساتید فلسفه‌ی مورد وثوق حضرت آیت‌الله میلانی- به صورت پنهانی و خصوصی شرکت کند. حضور در نجف واطاعت از پدر(هجده سالگی،سال1336) هجدهمین سال زندگیِ آقاسیدعلی مقارن شد با عزم او برای حضور در نجف اشرف به قصد زیارت حرم امیرالمؤمنین علیه‌السلام و درک کردن محضر بزرگان نجف. سیدعلی پس از حضوری کوتاه در این حوزه، به پدر نامه نوشت و از او برای ماندن و ادامه‌ی تحصیل در نجف اجازه خواست. پاسخ منفی شنید و لذا به امر پدر به مشهد بازگشت. پس از برگشتن به مشهد ،سید جوان مصمم شد برای رفتن به حوزه‌ی قم.اما پدر آقاسیدعلی که راهنما و مشاور اصلی او بود، با ترک مشهد موافقت نکرد و این مخالفت ادامه یافت تا یک سال بعد. هجرت به قم (نوزده سالگی،سال1337) با شروع سال تحصیلی جدید حوزه، آقا سیدجواد خامنه‌ای رضایت داد که فرزند فاضلش به قم هجرت کند. آقاسیدعلی به قم رفت و در مدرسه‌ی علمیه‌ی حجتیه مستقر شد. آقاسیدعلی که به‌زودی در بین هم‌مباحثه‌هایش به کثرت مطالعه و اشتغال درسی شهره شد. از آغاز ورودش به قم در درس خارج فقه آیت‌الله بروجردی شرکت کرد. از همان ابتدا در دروس حاج‌آقا روح‌الله (حضرت امام خمینی رضوان‌الله‌علیه) نیز حضور یافت. ابلاغ پیام به آیت الله میلانی (بیست وچهار سالگی،سال1342) در فروردین سال 1340 آیت‌الله‌ بروجردی به لقاء حضرت حق شتافت و مرجعیت امام خمینی رضوان‌الله‌علیه مطرح شد. سخنرانی‌های انتقادی امام علیه اقدامات رژیم پایه‌های قیام اسلامی را در قم پایه ریزی کرد. پس از تبعید امام، شاگردان ایشان مبارزات را در قم و دیگر شهرها ادامه دادند. روش مبارزاتی امام سبب شده بود تا آقاسیدعلی به انجام وظیفه‌ی روشنگری در مبارزات بپردازد. لذا ساواک دو بار او را دستگیر کرد. در همین سال امام خمینی او را به عنوان نماینده‌ی خود و برای ابلاغ پیام درباره‌ی مبارزه با رژیم شاه، نزد آیت‌الله‌العظمی میلانی در مشهد فرستادند. بدترین خبر برای آقاسیدعلی (بیست و پنج سالگی،سال1343) در این سال آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای که در مشهد ساکن بود، بینایی خود را از دست داد. این بدترین خبر برای آقاسیدعلی بود که می‌خواست در قم بماند. او با وجود اصرار اساتید خود بر ماندنش در قم ،قصد عزیمت به مشهد مقدس کرد. در مدت تحصیل در قم، به غیر از امام خمینی و مرحوم آقای بروجردی، حضرات آیات شیخ مرتضی حائری در فقه و اصول و علامه سیدمحمدحسین طباطبایی در فلسفه، از دیگر اساتید آقاسیدعلی خامنه‌ای بودند. آقاسیدعلی چشمان پدرش شد! (بیست و شش سالگی،سال1344) پس از بازگشت به مشهد مقدس، پدر که از اساتید اصلی او در سال‌های طلبگی بود، دیگر نابینا شده و از نعمت مطالعه محروم بود و آقاسیدعلی چشمان پدرش شد! او هر روز و در زمانی مشخص، چند ساعت برای پدر کتاب می‌خواند و همان متون را با او مباحثه می‌کرد. تدریس رسائل و مکاسب و کفایه، آغاز تدریس تفسیر قرآن کریم و حضور مجدد در درس خارج فقه آیت‌الله‌العظمی میلانی -علیرغم اختلاف سلیقه در مبارزات سیاسی- بخشی از فعالیت‌های علمی روحانی ۲۶ ساله‌ی ساکن خیابان خسروی نو در مشهد مقدس بود. بیست و نه تا سی و هشت سالگی،1347تا اواخر سال ۱۳۵۶ شیوه جدید تفسیر قرآن آقا سیدعلی خامنه ای مدرسه‌ی علمیه‌ی میرزا جعفر مشهد، شاهد جلسات تفسیر قرآن کریم بود که به‌سرعت مورد استقبال طلاب قرار گرفت. «تفسیرِ فعّال قرآن» که سیدعلی خامنه‌ای آن را تدریس می‌کرد، شیوه‌ی جدید و خاصی از تفسیر کلام‌الله مجید بود و طلاب را روزبه‌روز به بهره‌گیری از آموزه‌های قرآن ترغیب می‌کرد. این جلسات به دلیل استقبال زیاد و مباحث مبارزاتی مطرح‌شده در کنار تدریس رسائل و مکاسب و کفایه، با ممانعت‌های مکرر عوامل رژیم پهلوی مواجه شد. سخنرانی های ضد رژیم در مساجد گوناگون این اتفاق باعث شد تا این دروس از مسجد امام حسن مجتبی علیه‌السلام به مسجد کرامت و پس از آن به مساجد رضایی، قبله و... منتقل شود. این جلسات که دیگر به محل حضور دانشجویان نیز تبدیل شده بود، به دلیل بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای بارها متوقف و دوباره برگزار می‌شد. تبعید به ایرانشهر رژیم پهلوى در اواخر سال ۱۳۵۶، آیت‌الله خامنه‌اى را دستگیر و براى مدت سه سال به شهر ایرانشهر تبعید کرد. البته در اواسط سال ۱۳۵۷ و در پی اوج‌گیرى مبارزات مردم مسلمان و انقلابى ایران، ایشان از تبعیدگاه آزاد شدند و به مشهد مقدس بازگشتند و در صفوف مقدم مبارزات مردمى علیه رژیم پهلوى قرار گرفتند. عضویت در شورای انقلاب به دستور امام در آستانه‌ی پیروزى انقلاب اسلامى و پیش از بازگشت امام خمینى از پاریس به تهران، «شوراى انقلاب اسلامى» با شرکت افراد و شخصیت‌هاى مبارزى همچون شهید مطهرى، شهید بهشتىو ... در ایران تشکیل گردید. آیت‌الله خامنه‌اى نیز به فرمان امام بزرگوار به عضویت این شورا درآمدند. پیام امام توسط شهید مطهرى به ایشان ابلاغ گردید و با دریافت پیام رهبر کبیر انقلاب، از مشهد به تهران آمدند. سرنوشت اسلام و ملت رنجدیده و شهید داده در گرو آن (به مناسبت اولین نشست مجلس خبرگان رهبری در 23 تیرماه 1362) حضرت امام خمینى (رحمت الله علیه) در قسمتى از پیامى که به هنگام گشایش اولین دوره مجلس خبرگان ارسال داشتند، فرموده اند: ...و اکنون شما، اى فقهاى شوراى خبرگان واى برگزیدگان ملت ستمدیده در طول تاریخ شاهنشاهى و ستمشاهى، مسئولیتى را قبول فرمودید که در راس همه مسئولیتهاست، و آغاز به کارى کردید که سرنوشت اسلام و ملت رنجدیده و شهید داده و داغدیده در گرو آن است. خداوند از اطراف بر ایشان احاطه دارد و مراقب است.